A Mistérios S.A. é convocada para uma missão muito especial: a famosa banda de rock Kiss pede a ajuda de Scooby-Doo, Salsicha, Velma, Fred e Dafne para impedir uma bruxa, que interrompeu um grande show de Halloween do grupo e quer invocar o monstro "Destroyer".

O que reúne grandes amigos? Para Daphne, Velma, Fred, Salsicha e o cãozinho Scooby-Doo, é um mistério! Literalmente! Este longa-metragem leva os fãs de volta no tempo, para quando nossos quatro heróis eram adolescentes novatos no assunto – sempre acompanhados por um cão detetive – e tiveram seu primeiro encontro profissional. Injustamente acusados de encenar uma piada sobre fantasmas, os garotos são suspensos do colégio. Para limparem seus nomes, eles se unem para resolverem um mistério

Quando a turma do Scooby-Doo visita um rancho, eles descobrem que ele e a cidade vizinha foram assombrados por um vaqueiro fantasmagórico, Dapper Jack. O mistério se aprofunda quando descobrem que o fantasma é também parente do Salsicha.

Prepare-se para a aventura mais intergaláctica de Scooby e sua turma! Tudo começa quando a turma se vê presa numa cidade deserta, cheia de cientistas esquisitos e alienígenas pouco amigáveis. Depois de serem perseguidos pelos alienígenas, irem parar a bordo de um OVNI, algo ainda mais esquisito e assustador acontece: Salsicha e Scooby se apaixonam perdidamente! A corrida para solucionar este caso intergaláctico, acaba levando a turma, de uma base secreta do governo, até as misteriosas cavernas

Scooby Doo, Salsicha, Velma, Daphne e Fred estão na ativa de novo para tentar resolver o mais assustador e divertido mistério de suas carreiras. Nossos garotos “intrometidos” desta vez encontram-se numa ilha mal assombrada para investigar o fantasma do pirata Moonscar. Mas o espírito do corsário não é o único a atormentar a ilha. Os detetives também encontram com estranhas criaturas e zumbis!

Quando a turma encontra o famoso escritor de contos de terror Ben Ravencroft,ele os convida para acompanharem de perto o Festival da Colheita de Outubro em sua terra natal,New England.As coisas se transformam em férias sobrenaturais quando os garotos descobrem que o lugar é assobrado por Sarah,uma ancestral de Ben! Será que as investigações irão revelar que Sarah é uma alma boa ou uma perversa bruxa?

Salsicha consegue um emprego como professor de educação física numa escola de criaturas sobrenaturais chamada Escola Grimwood, e se torna responsável pela segurança das alunas Sibelle, filha do Conde Drácula, Winnie, filha de um lobisomem, Elza, filha do Frankenstein, Tannis, filha de uma múmia e Phantasma, filha de um fantasma. Os terríveis monstros avisam a Salsicha e Scooby-Doo de que estes pagariam caro se algo de ruim acontecesse às suas filhas. Os problemas começam quando uma terrível

Uma feiticeira malvada transporta a gangue de volta para a era dos cavaleiros cavalheirescos, magos de lançamento de feitiços e dragões cuspidores de fogo.

Um demônio misterioso ameaça perturbar o mais recente empreendimento da WWE, então Mr. McMahon contrata Mistério Inc. para resolver o mistério. Enquanto Fred, Velma e Daphne correm para desvendar o caso, Salsicha e Scooby encontram se competindo na corrida ao lado do Undertaker. Depois de muitas voltas e reviravoltas, o Demônio é finalmente desmascarado – embora não é que todo mundo espera que ele seja.

Scooby-Doo e a equipe se reúnem novamente para resolver o mistério de proporções gigantescas e salvar a Baía Cristal.

É o “Grand Prix” da Transilvânia, o rali anual de todos os monstros, mas está faltando um lobisomem para preencher as regras da competição. Para a sorte dos participantes, o conde Drácula possui o poder de transformar um ser humano nesse monstro uma vez a cada cem anos e esta é a época correta.

A equipa da "Mistério S.A." arranjam trabalhos de Verão num campo de férias pertencente ao tio da Daphne, onde se deparam com acontecimentos estranhos em redor do lago - incluindo pedras-da-lua, personagens assustadores e um Monstro Sapo à solta. Existe mistério e romance no ar que apenas Fred, Velma, Daphne, Salsicha e Scooby-Doo conseguem desvendar.