Cem anos atrás, a cidade do deserto “Désser City” foi severamente danificada por uma batalha épica entre os Pokémon. A batalha foi iniciada devido a um Pokémon específico. No entanto, o Pokémon foi selado por alguém, e a cidade voltou a ser calma e normal como era antes até os dias de hoje. Ash, Pikachu, Serena, Clemont e Bonnie continuam a sua jornada, e durante este perído encontram o Pokémon mítico Hoopa, que carrega anéis onde tem a capacidade de invocar tudo até mesmo Pokémon Lendários.

A história do filme começa muitos anos antes, quando uma terrível guerra entre humanos e Pokémon que estava ocorrendo e Aaron, um valente guerreiro, junto ao seu Lucario resolvem dar um fim nisso tudo e trazer a paz novamente ao mundo. Aaron acredita que indo até a Árvore da Origem e usando seu poder, tudo poderá ter fim, mas o caminho até a tal árvore é complicado e perigoso. Pensando nisso, Aaron decide selar Lucario em seu cetro, mesmo que o Pokémon não concordasse com isso. Logo em seguida,

Todo ano, os cidadãos da cidade de Fura celebram um Festival do Vento, homenageando o Pokemon lendário Lugia, que protegeu a cidade da destruição anos atrás. Quando o destino de Fura City e seu festival é colocado em risco, Ash e Pikachu terão que se juntar a um time de diversos personagens para salvá-la.

No Domínio do Diamante subterrâneo, onde muitos Carbink vivem, a Pokémon Mítica Diancie serve como regente. O Diamante Coração que sustenta o reino começa a desmoronar e Diancie ainda não é forte o bastante para criar um novo. Enquanto busca ajuda da Pokémon Lendária Xerneas, Diancie encontra um grupo de ladrões que querem tomar controle de seu poder de criação de diamantes, mas os ladrões acabam despertando o Pokémon Lendário Yveltal de seu casulo no processo! Poderá Ash e seus amigos ajudarem

Conforme Ash e seus amigos continuam sua jornada, Volcanion cai do céu na frente deles. O objetivo de Volcanion é recuperar Magearna, que foi sequestrada pelo "Reino Azoth", uma cidade de super máquinas. No entanto, Volcanion e Ash tornaram-se ligados entre si por um estranho cinto magnético. Será que os dois conseguirão trabalhar juntos e salvar Magearna?

Um grupo de cinco Genesect invadiram a cidade grande e representam uma ameaça para o fornecimento de energia elétrica, o que atrai a atenção do lendário Pokémon Mewtwo. Ash, Pikachu e seus amigos devem vir para o resgate quando o poderoso líder, um Genesect vermelho, enfrenta Mewtwo.

Giratina é o único morador do Mundo Reverso, um mundo pouco conhecido em paralelo com o nosso em que vivemos. Furioso quando Palkia e Dialga distorcem o tempo e o espaço, Giratina leva Dialga até o Mundo Reverso para iniciar uma batalha – mas o confronto é paralisado por um pequeno Shaymin, um Pokémon Gratidão. Logo depois de Ash e seus amigos aceitarem ajudar Shaymin, eles são arrastados para o Mundo Reverso, e lá eles conhecem Newton Graceland, que está pesquisando sobre aquele mundo

Christopher Robin já não é mais aquele jovem garoto que adorava embarcar em aventuras ao lado de Ursinho Pooh e outros adoráveis animais no Bosque dos 100 Acres. Agora um homem de negócios, ele cresceu e perdeu o rumo de sua vida, mas seus amigos de infância decidem entrar no mundo real para ajudá-lo a se lembrar que aquele amável e divertido menino ainda existe em algum lugar.

Jellystone, está perdendo visitantes e, por isso, o prefeito Brown decide fechá-lo e vender suas terras. Inconformados com a perda da única casa que eles conhecem, Zé Colmeia terá que provar que ele realmente é "o mais esperto de todos os ursos" e com seu inseparável amigo Catatau, irá unir forças ao Guarda Smith para encontrar uma saída e salvar o parque de ser fechado para sempre.

Rodney Lataria é um robô que tem um dom para inventar máquinas, que trabalha com seu pai lavando pratos. Sonhando em conhecer seu ídolo, o Grande Soldador, Rodney decide partir em uma viagem rumo a Robópolis. Porém, ao chegar na cidade, ele percebe que sua busca será mais difícil do que imaginava. Logo Rodney se torna amigo dos Enferrujados, um grupo de robôs de rua que sabe se virar e que acaba por abrigá-lo. Tentando encontrar o Grande Soldador e mantendo seu ideal em fazer um mundo melhor,

Os irmãos Meg (Storm Reid) e Charles (Deric McCabe) decidem reencontrar o pai, um cientista que trabalha para o governo e está desaparecido desde que se envolveu em um misterioso projeto. Eles contarão com a ajuda do colega Calvin (Levi Miller) e de três excêntricas mulheres em uma ousada jornada por diferentes lugares do universo.

Griffin, o zelador de um zoológico, é dispensado pela namorada que o subestima por sua profissão. Tempos depois, a bela reaparece desejando uma nova chance com o amado. No zoológico, cansados de ouvir as lamentações amorosas de Griffin, os animais decidem começar a conversar com ele.